Freemake Video Converter es sin duda de lo mejor que he visto, es completamente free y convierte vídeos en varios formatos.
AVI, MP4, H264, WMV, DVD, Bluray, MPEG, OGG, OGV (para HTML5), MPEG, etc…
otra alternativa gratuita online la tienes en http://video.online-convert.com/
ACTUALIZO:
Para videos ogg/ogv compatibles para HTML 5 el mejor conversor que he encontrado es el Miro Video Converter realizando la conversión a Theora
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