Hay en el mercado un sinfín de programas y software para gente especializada en el posicionamiento WEB. Aquí solo comentaré algunos y agradeceré cualquier tipo de comentarios al respecto para mejorar el post.
En primer lugar es importante analizar los logs para ello se puede usar los siguientes programas algunos son gratuitos.
phpMyVisites 2.2
AWStats 6.3
o el surftats que es de pago.
En segundo lugar debéis analizar las entradas de links, para ello la mejor forma de hacerlo es poniendo link: delante del sitio web que queráis analizar.
Si queréis hacerlo de forma porfesional se pueden usar aplicaciones seo profesionales como
seo élite,
seo administrator,
seo studio,
IBP, etc …
La mayoría de estas aplicaciones son de pago y suelen estar en inglés lo que dificulta el análisis de las palabras claves que llevan acentos y eñes. Por tanto no son al 100 % de mi agrado aunque reconozco que son muy potentes.
Para analizar las palabras clave podéis usar el Google Trends
Español 
English